Ces étranges bactéries qui colonisent les nombrils

Des chercheurs américains se sont lancés dans le projet d'étudier les bactéries qui colonisent les nombrils humains.

Par Yves Miserey

Les chercheurs américains ont identifié 2368 espèces de bactéries différentes vivant dans des nombrils.

Le nombril n'est plus une terre inconnue pour la science. Des chercheurs de l'université de Caroline du Nord ont décidé de répertorier toutes les espèces bactériennes qu'il peut héberger. La pêche s'annonce plutôt bonne: 2368 espèces différentes ont été repérées dans les échantillons prélevés avec des cotons tiges sur seulement soixante personnes. «C'est déjà deux fois plus que le nombre d'espèces d'oiseaux ou de fourmis en Amérique du Nord», notent les auteurs de l'étude publiée en ligne dans la revue Plos One.

Parmi toutes ces espèces, beaucoup ne peuvent être cultivées en laboratoire. Elles sont identifiées en tant qu'espèces à partir de leurs séquences génétiques. Ces chercheurs se sont lancés dans le séquençage du génome du nombril, avec beaucoup moins de moyens (et d'ambition) que ce que d'autres équipes dans le monde ont fait pour l'intestin ou la peau.

Les chercheurs sont déjà en mesure d'affirmer que la grande majorité des bactéries ombilicales sont rares et se rencontrent chez un petit nombre d'individus. Sur les 2368 identifiées, plus de 2100 sont présentes dans moins de 10 % des échantillons et souvent sur un seul d'entre eux.

Une grande diversité écologique

Culture de Bacillus subtilis trouvé
dans un nombril, un type
de bactérie qui protège la peau
contre d'autres microbes.

Seules huit espèces sont présentes chez 70 % des individus. Ce sont des bactéries de la peau bien connues comme les staphylocoques, les actinomycètes et les clostridiales. Elles sont très abondantes puisqu'elles représentent près de 40 % de la totalité des micro-organismes. Elles constituent les «oligarques» de l'écosystème ombilical selon l'expression utilisée par les spécialistes des forêts tropicales.

La diversité écologique des nombrils est très inégale. Cela va de la plaine de la Beauce avec 29 espèces pour un seul nombril, à la forêt amazonienne avec une centaine. La majorité tourne autour de 67.

L'équipe de Robert Dunn a eu la surprise de trouver trois archéobactéries (on dit maintenant des archées) dans l'échantillon prélevé sur un homme qui ne s'était pas lavé le nombril depuis plusieurs années. «Ce type de personnes est sans doute plus représentatif de l'état où se trouvait le corps humain avant que le bain devienne une habitude», souligne Robert Dunn sur le blog de la revue. De même ils ont trouvé chez un des chercheurs une bactérie du sol assez rare, présente seulement au Japon.

Le projet de séquençage du génome du nombril lancé par le laboratoire de Caroline du Nord est né au cours d'une réunion destinée à intéresser le public à la science. De fil en aiguille, il a pris de l'ampleur. Plus de 2000 échantillons ont été analysés à ce jour. Un site Internet a été créé. Les chercheurs espèrent comprendre un jour pourquoi il existe une telle diversité bactérienne dans les nombrils mais il est trop tôt pour savoir s'il y aura des retombées ou pas. On sait que les bactéries de la peau jouent un rôle important dans la défense contre les pathogènes mais on ne sait rien sur le nombril. «Ce type de travail fait plus pour faire connaître la science que la vulgarisation classique. C'est fascinant», estime Michael DuBow, de l'université Paris Sud.

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